De verordening heeft als primair doel het risico van vervalsingen van geneesmiddelen in het reguliere distributiekanaal verder te minimaliseren. Daarnaast zijn er nog een aantal nevendoeleinden beschreven in artikel 37:
- toezicht op de werking van de gegevensbanken;
- terugbetaling;
- geneesmiddelenbewaking of farmaco-epidemiologie.
Voor punt 2 en 3 zijn er in Nederland al andere systemen in gebruik, het is dan ook niet noodzakelijk om gegevens hiervoor uit het nationale systeem (NMVS) te halen.